Das Zeichen der Johanniter (Quelle: https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=497565)
Die Reformation bedeutete für die Klöster der Mark das Ende ihrer bisherigen Existenz: Alle Männer- und viele Frauenklöster wurden geschlossen, wobei allerdings die Nonnen und Mönche, die noch im Kloster lebten, in der Regel weiter dort bleiben und ein evangelisch umgestaltetes Gemeinschaftsleben pflegen durften. Einige Frauenklöster wurden in Damenstifte umgewandelt und dienten der Erziehung und Versorgung adliger Frauen.
Eine Ausnahme gab es: die neumärkischen Johanniter. Der Johanniterorden war ein Ritterorden, der im Abendland ein Netzwerk von Niederlassungen gegründet hatte, um seine militärische und diakonische Arbeit im östlichen Mittelmeerraum zu unterstützen. Angesichts der Verdrängung der westlichen Christenheit aus dem Nahen Osten zogen er sich nach Europa zurück und engagierte sich für die Kirche hier. Ein Zentrum des Johanniterordens in Deutschland war die Ballei Brandenburg mit ihrem neumärkischen Zentrum Sonnenburg (Słońsk). Vielerorts in Brandenburg hatte der Orden Grundbesitz und unterhielt Ordensniederlassungen. Durch sein Patronatsrecht in mehreren Kirchen übernahm der Orden Verantwortung für die geistliche Versorgung der Bevölkerung: So hatte der Orden etwa das Dorf Tempelhof bei Berlin aus dem Besitz des aufgelösten Templerordens übernommen und bestimmte den dortigen Pfarrer.
Es kann nicht verwundern, dass dieser der Papstkirche eng verbundene Orden zu den Gegnern der Reformation gehörte. Mit dem Regierungsantritt von Markgraf Johann von Küstrin 1535 und der Hinwendung des des Adels und der Bevölkerung zur Reformation standen die Johanniter zusammen mit dem Bischof von Lebus aber zunehmend auf verlorenem Posten. Der Markgraf begann bald, die neumärkischen Klöster zu schließen und ihren Besitz zu säkularisieren. Mit den Johannitern machte er jedoch eine Ausnahme: Er ließ sie als Korporation mit ihrem Besitz und ihren Organisationsstrukturen bestehen und sorgte nur dafür, dass 1544 ein evangelischer Herrenmeister gewählt wurde und der Orden sich dem Markgrafen unterwarf. Faktisch wurden die Johanniter zu einer Adelsgemeinschaft ohne besonderes religiöses Gemeinschaftsleben und ohne kirchliche Funktion. In dieser Form gab es sie bis ins 19. Jahrhundert. Damals wurden sie durch den preußischen König als religiös-diakonische Gemeinschaft wiederbelebt, dessen einprägsames Kreuz bis heute in der Öffentlichkeit präsent ist.