Die Brandenburger Franziskanerkirche heute (Foto: Gregor Rom, CC-BY-SA 4.0, Quelle: https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=40223760)
Die durch die Reformation freiwerdenden Klostergebäude wurden rasch umgenutzt. Auf dem Lande zogen die Verwalter der Klostergüter ein und bauten die Klosteranlagen nach den Bedürfnissen der Gutswirtschaft um. In den Städten wurden die Klosterkirche zu Gemeindekirchen umgenutzt und in die Klostergebäude konnten Schulen oder Hospitäler einziehen.
Ein Problem gab es aber: Die in manchen Städten übriggebliebenen Mönche und Nonnen, die weiterhin Wohnrecht hatten und versorgt werden mussten. So war zum Beispiel das Franziskanerkloster in der Altstadt Brandenburg zwar von vielen Brüdern verlassen worden, aber eine kleine Gruppe war geblieben und blockierte den Gebäudekomplex am Havelufer, den Stadt- und Kirchengemeinde so gerne für andere Zwecke umnutzen wollten. Die Folge war ein sich über Jahre hinziehender Rechtsstreit, der dazu führte, dass die Stadt nach und nach immer mehr Teile der Konventsgebäude für sich vereinnahmen konnte. Der vorläufige Schlusspunkt war erreicht, als 1561 auch die Konventskirche in die Verfügung der Kirchengemeinde kam.
Christoph Lybius, Pfarrer an St. Gotthardt, legte 1561 einen Plan vor, wie die Franziskanerkirche in das Gottesdienstleben der Altstadt eingebunden werden konnte. Sonntags sollte dort morgens ein Tagzeitengebet gefeiert und anschließend ein Kapitel aus der deutschen Übersetzung von Philipp Melanchthons „Loci communes“ – einem theologischen Lehrbuch – vorgelesen und für die Gemeinde ausgelegt werden. Der Hauptgottesdienst am Sonntagmorgen sollte wie üblich in St. Gotthardt stattfinden. Sonntagmittags wollte der Pfarrer dann in der Klosterkirche einen liturgisch umrahmten Katechismusunterricht für die Gemeinde anbieten, in dem auch deutsche Kirchenlieder eingeübt werden sollten. Damit die Kirche auch wochentags genutzt wurde, schlug Lybius vor, einen der Predigtgottesdienste zukünftig montags hier abzuhalten.
Wie man sieht, war das gottesdienstliche Leben einer märkischen Stadt reichhaltig: Sonntags gab es neben dem vormittäglichen Hauptgottesdienst in der Pfarrkirche morgens und abends liturgisch ausgestaltete Tagzeitengebete ohne Predigt (Mette, Vesper) sowie Katechismusunterweisung. Wochentags wurden an einzelnen Tagen ebenfalls Tagzeitengebete sowie Predigtgottesdienste angeboten, mancherorts auch weiterer Katechismusunterricht. Die vorhandenen Kirchen wurden regelmäßig genutzt, und es fanden sich immer auch – mal mehr mal weniger – Menschen, die zu den Gebeten und Gottesdiensten kamen.